引起新生儿唇裂的确切原因和发病机理，目前尚未完全明了，一般认为，唇腭裂主要是由以下几个方面造成的。
遗传因素
很多唇裂的患者都发现在其直系亲属或旁系亲属中也有类似的畸形发生，因而医学上一般认为唇腭裂畸形与遗传有关。母双方的年龄越大，他们孩子患先天性“兔唇”的风险就越高。40岁母亲与30岁母亲相比，新生儿患“兔唇”的风险要高20％。
多数药物进入母体后都能通过胎盘进入胚胎。有些药物可能影响胚胎的发育而造成畸形，目前已知的抗肿瘤药物(如环磷酰胺、氨甲喋呤等)、抗惊厥药物(苯妥英钠)、抗组织胺药物及治疗妊娠性呕吐的敏克静和某些安眠药物(如沙立度胺)均可导致胎儿畸形。
环境因素
主要指胚胎生长发育的环境而言，母体的整个生理状态即构成了胚胎发育的环境条件。因此，在妊娠前三个月内，当母体的生理状态受到侵袭或干扰时，就可能影响胚胎颌面部的生长发育。
烟酒因素
妊娠早期大量吸烟及酗酒，其子女唇裂的发生率比无烟酒嗜好的妇女要高，因而也是导致胎儿发生唇裂的可能因素之一。
