操作程序：根据所选穴位及用药量的不同选择合适的注射器和针头。局部皮肤常规消毒后，用无痛快速进针法将针刺入皮下组织，然后缓慢推进或上下提插，探得酸胀等“得气”感应后，回抽一下，如无回血，即可将药物推入。
一般疾病用中等速度推入药液；慢性病体弱者用轻刺激，将药液缓慢轻轻推入；急性病体强者可用强刺激，快速将药液推入。如需注入较多药液时，可将注射针由深部逐步提出到浅层，边退边推药，或将注射针更换几个方向注射药液。
注射角度与深浅：根据穴位所在部位与病变组织的不同要求，决定针刺角度及注射的深浅。同一穴位可从不同的角度刺入。也可按病情需要决定注射深浅度，如三叉神经痛于面部有触痛点，可在皮内注射成一“皮丘”；腰肌劳损多在深部，注射时宜适当深刺等。
药物剂量：穴位注射的用药剂量决定于注射部位及药物的性质和浓度。头面部和耳穴等处用药量较小，每个穴位一次注入药量为0.1-0.5ml，四肢及腰背部肌肉丰厚处用药量较大，每个穴位一次注入药量为2-15ml；刺激性较小的药物，如葡萄糖、生理盐水等用量较大，如软组织劳损时，局部注射葡萄糖液可用10-20ml以上，而刺激性较大的药物（似乙醇）以及特异性药物（如阿托品、抗菌素）一样用量较小，即所谓小剂量穴位注射，每次用量多为常规用量的1/10-1/3。中药注射液的常用量为1-2ml。
疗程：每日或隔日注射一次，反应强烈者亦可隔2-3日一次，穴位可左右交替使用。10次为一疗程，休息5-7天再进行下一个疗程的治疗。
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