患有巨指症不仅外观畸形，更多有功能障碍，常需手术治疗，治疗的目的是尽可能的改善畸形的外形和功能。巨指的治疗是减少巨指在长度和周径上的差异，并纠正侧弯，同时尽可能保留指尖感觉和掌指关节的活动。巨趾的治疗则相对简单，主要是形成较为美观的，可以舒适穿鞋的脚。应根据病变程度和畸形特点，结合患者年龄选择适宜的手术方式。
常见的手术方式有以下几种：
1、软组织切除修整术。包括皮肤、皮下脂肪、病变神经、血管的切除，需分次切除。适宜静止型或生长缓慢的轻度巨指(趾)。巨指手术均需探查神经有无异常，有则应予分支或主干完全切除。如为双侧指、趾神经受累，需要保留一侧主干神经。
2、骨骺阻滞术。即切除指、趾骨的生长中心，可以部分阻滞或完全阻滞。此术式适用于生长较快的儿童。若巨指、趾长度已达成人水平，可行骨骺完全阻滞。骨骺阻滞术后，需行外固定约4-6周，去外固定后需行功能锻炼。对于指、趾长度尚未达成人水平的，在做骨骺切除时要适当，防止过多切除影响发育。
3、指、趾缩短术。即指、趾骨部分截除，常为远节的截除，指、趾甲可以游离移植到保留指、趾节或行带血管吻合重建于保留指、趾节。此术式适用于生长过长的手指、足趾。巨指伴偏斜的可以契形截骨矫正。
4、截指、趾术（指趾列切除术），即切除肥大的手指、足趾及对应掌骨、跖骨。拇指巨指症一般不考虑截指。迫不得已截指也需行拇指再造。上述几种手术方法通常需结合进行，对于严重的巨指(趾)，常常几种方式均要采用。临床工作中，必须针对患儿的具体情况以及家长的意愿选择很好的手术方式。
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