昆明医科大学第二附属医院建立于1952年，本名昆明市工人医院，1962年改名为昆明医学院第二附属医院，2000年挂牌昆明医学院第二临床医学院。目前已经发展成一所部门齐备、名医汇聚、机器设备先进、技术实力雄厚的集诊疗、教学、科学研究、防治、健康保健为一体的大中型综合医院，是国家卫生部第一批核定的“三级甲等医院”、“全国性百佳医院”和国际性救援中心(SOS)网络医院及省、市医保第一批定点就医医院。
昆明医科大学第二附属医院目前在编员工1447人，在其中专家教授、副教授职称292人，博士研究生、研究生硕导74人，博士26人，研究生176人，省部级学会专科联合会主委22人，中国医师协会技业联合会委员会42人，享有***政府特殊津贴12人，获云南有杰出贡献的专业技术人员10人，享有省国务院津贴7人，获全国性卫生系统先进工作者头衔2人，出国留学回归者近200人。
昆明医科大学第二附属医院目前定编医院病床1200张，对外开放医院病床933张，医院病床利用率为130.4%，年门诊患者60余万人次，年住院病人3万余人次，年手术治疗达1.5万台次，平均住院日为12.8天。
昆明医科大学第二附属医院下设53个临床医学和康复医学科部门，为本省部门齐备的综合型定点医疗机构。有着肝脏移植、肝胆胰、中西医融合、烫伤、亚低温治疗、康复医学6个省部级研究所;烧伤科、肝胆胰普外、泌尿科、皮肤美容、脑外科、骨科6个云南临床医学重点专科;心肌梗塞基础、脑血管病、泌尿科、红斑狼疮病、护理专业5个省部级调研室;肝胆胰、烫伤、泌尿男科、微创手术、肝脏移植、危重症医药学、康复医学等学科进入了中国、本省领先队伍;是地区临床试验基地(包含10个专业)、云南化学中毒救护基地及医师规范化培训基地。
昆明医科大学第二附属医院有10万元以上大中型医疗器械近200台(套)，在其中1.5T西门子PLC核磁共振成像仪(MRI)、螺旋式CT、数字血管造影机胃肠机(DSA)、伽玛刀(头刀、体刀)、多尼尔碎石机、高压氧仓、氩氦刀、人工肝治疗系统等大中型技术设备。
昆明医科大学第二附属医院1999年首批在云南取得成功进行了人同种异体原点肝部移植手术，目前已经成功执行73例，位居云南榜首，并陆续成功进行亲体部分肝移植手术、肾脏联合移植手术、心血管移植手术、角膜移植术、造血功能干体细胞移植手术、胸主动脉瘤人工合成毛细血管腔内带膜支撑架阻隔术、可调整人工晶体植入术、前路脊柱侧弯矫形术、人工膝关节镜、经颈静脉体内门页静脉分离术、腹腔镜手术脾摘除术、间充质干体细胞医治肝硬化腹水、干体细胞医治神经内科疾病、脐带间充质干体细胞医治本身免疫性疾病和烫伤、CD34阳性细胞分选造血功能干体细胞移殖医治针对性红斑狼疮病、异基因造血功能干体细胞移殖、猴脑可选择性超深低温血液完全阻隔80分鐘后复苏试验等一大批新技术、新项目，促使医院总体诊疗技术实力不断向新的医药学高峰迈入。
近年来，昆明医科大学第二附属医院担负厅级以上科研课题141项，获科学研究成果奖54项，在其中获国家卫生部科研成果三等奖1项，中华医学科技奖1项，省科技创新一等奖1项。出版发行著作57部，在其中我院主编的《实验外科学》已被指定为全国性研究生专用教材内容。SCI网站收录毕业论文7篇。积极与国际性医疗界进行协作，与美、法、德、日、澳、泰、芬、新加坡等数十个地区和港澳台地区的医院拥有深度的科学研究协作、人才培养协议及国际学术交流，还先后派遣数批支援乌干达医疗队。
昆明医科大学第二附属医院党政领导把思想大解放、提升思想、把握机遇、贯彻落实医疗改革战略方针、现行政策，走内函发展道路，为人民服务做为改革创新的指导方针，以患者挑选医生、挑选医院为突破点，以行风建设促进医院改革创新。医院以后勤社会性改革做为示范点，把人事分配机制改革摆在首位，重点推行三级医生的聘用，医院实行科室主任领导干部下的三级医生责任制。医教相长，全面推进医疗教学改革，产生“教学与教学管理一体化”的管理机制。
